W 1941 roku Lipiński wyprowadził z warszawskiego getta Nosanowicza, znajomego sobie fotografa i umieścił go w kryjówce przy ul. Miodowej. W 1942 roku, gdy mieszkał na Chmielnej 35 udzielił pomocy materialnej Jakubowi Bickelsowi, gdy ten stracił dokumenty. Jesienią tego samego roku został aresztowany i skazany na cztery miesiące pobytu w mokotowskim więzieniu na ul. Rakowieckiej za nabycie fałszywej przepustki do getta. W 1943 roku udzielił schronienia plastyczce Oldze Siemaszkowej (Binder). Udzielił też pomocy malarce Irenie i Stanisławowi Kuczborskim. Został poproszony przez parę o udzielenie schronienia Maryli Spielrein, jej synowi Ryszardowi i nieletniej córce, co uczynił. Wybuch powstania warszawskiego zastał i unieruchomił go razem z Olgą Siemaszko na Saskiej Kępie. W połowie sierpnia 1944 roku Lipiński znalazł się w niemieckim obozie przejściowym Dulag 121, gdzie pracował jako noszowy. Tamże pomagał w ucieczce ludziom kultury, podrabiając skradzionymi ołówkami podpisy niemieckich lekarzy z komisji obozowej.