Samuel Pepys pisał swój dziennik używając jednego z wielu popularnych w tamtych czasach stenogramu. Był to rodzaj szyfru, który umożliwiał skrótowe zapisywanie. Autorem tego „szyfru” był Thomas Shelton, po raz pierwszy opublikował go w 1626 r. (Short Writing), potem ulepszył swój system i nazwał go „Tachygraphy” – wydawcą został Uniwersytet Cambridge. Wśród młodych ludzi zapanowała swoista moda na używanie tego systemu, przede wszystkim do zapisywania treści kazań. Samuel Pepys najprawdopodobniej nauczył się go podczas swoich studiów w Cambridge, gdyż podczas spisywania pamiętników był już bardzo wprawiony w używaniu szyfru Sheltona.
Po śmierci Pepysa myślano jednak, że „Dzienniki” zostały napisane jakimś nieznanym szyfrem, wymyślonym przez samego autora.
John Smith, nieświadomy, że w bibliotece Pepysa znajduje się klucz do szyfru, jakim zostały zapisane „Dzienniki”, podjął trud zdekodowania zapisków. Udało mu się to w latach 1819–1822. Dziennik po raz pierwszy został wydany w 1825, ale w skróconej formie. Skróty wydawane były też między innymi w 1828, 1848–1849 i 1854. Cały tekst (ponad 3800 stron) został wydany dopiero w 1893 przez Henry B. Wheatleya. Najbardziej nam współczesne pełne wydanie to londyńskie, jedenastotomowe wydanie R. Lathama, R. Matthewsa z lat 1970-1983.