został członkiem Towarzystwa Królewskiego, a później nawet jego prezesem.
thumb|Samuel Pepys pędzla Edmunda J. Sullivana W 1685 r., po ustąpieniu z tronu Jakuba II Stuarta, odszedł z życia publicznego, jego miejsce w Urzędzie Marynarki zajął William Hewer, najbliższy przyjaciel domu, u którego Samuel mieszkał w ostatnich latach swojego życia.
Za życia Pepysa w 1690 r. ukazała się jego historia marynarki, pt. Memories of the Navy.
Samuel Pepys zapisał w testamencie cały swój księgozbiór, a był namiętnym bibliofilem, na rzecz Magdalen College. Miał on stanowić odrębną całość i zostać nazwany, zgodnie z wolą testatora: Bibliotheca Pepysiana. Księgozbiór – 3 tysiące tomów książek drukowanych, rękopisów, rycin - trafił na miejsce swojego przeznaczenia w 1724 r. Chyba najważniejszą pozycją w tej bibliotece był oryginalny rękopis „Dzienników” Samuela Pepysa.