Od samego początku Bona niechętna była rosnącej potędze Radziwiłłów herbu Trąby, za co była później bezpodstawnie posądzana przez niektórych o otrucie przedwcześnie zmarłej Barbary Radziwiłłówny.
W rok po powrocie do księstwa Bari Bona Sforza została otruta przez swego zaufanego dworzanina Jana Wawrzyńca Pappacodę. Inicjatorami zabójstwa byli Habsburgowie, którzy mieli zyskać na sfałszowaniu jej testamentu, a jednocześnie unikali konieczności spłaty pożyczki w wysokości 430 tys. dukatów, jakiej Bona udzieliła księciu Alby, namiestnikowi króla Hiszpanii, Filipa II (sumy neapolitańskie). Pomimo starań ze strony polskiej dobra przejęte na podstawie sfałszowanego testamentu nigdy nie wróciły do prawowitych właścicieli.
Królową pochowano, wbrew jej woli, nie w Neapolu, a w bazylice św. Mikołaja w Bari w bardzo skromny sposób. Dopiero jej córka, Anna Jagiellonka, zleciła mistrzowi florenckiemu Santiemu Gucciemu wykonanie odpowiedniego nagrobka. Wykonany w 1593 nagrobek w stylu manierystycznym przetrwał do dziś.