Opinie o królowej mały|upright|lewo|Portret Bony w stroju wdowy, ok. 1557 mały|upright|Nagrobek królowej Bony z 1593 w bazylice św. Mikołaja w Bari Opinie współczesnych o królowej były podzielone. Jedni zwracali uwagę na jej zasługi, drudzy zarzucali jej intryganctwo, chciwość, przekupstwo, oskarżając ją nawet o trucicielstwo. Była podejrzana o zatrucie książąt mazowieckich – Stanisława i Janusza IIIIwona Kienzler, „Mroczne karty historii Polski”, wyd. Bellona, 2013Nie lubiane królowe – Bona Sforza d’Aragon., oraz synowej Barbary Radziwiłłówny. Obdarzona była nieprzeciętną inteligencją, była dumna i bezwzględna wobec możnych, broniła biednych i słabych przed uciskiem. Była sprytna, skłonna do obrażania się, łatwo ulegała chorobliwym wybuchom gniewu. W oczach nienawidzącej jej opozycji, w wyniku nieprzychylnej jej propagandy habsburskiej stała się symbolem zła, gubiącego PolskęWładysław Pociecha, Bona Sforza, w: Polski Słownik Biograficzny, t. II, Kraków 1936, s. 293..
Bona Sforza zaszczepiła na gruncie polskim intrygi i przekupstwo, sprzedawała urzędy świeckie i wyższe godności duchowne. Historiografia katolicka uważa, że rozstrój wewnętrzny państwa, spowodowany przez królową wzmacniał opozycję przeciwko Kościołowi katolickiemuWładysław Krynicki, Dzieje Kościoła powszechnego, Włocławek 1914, s.