W 1544 Zygmunt II August objął samodzielną władzę na Litwie i w związku z tym tam się przeniósł. Było to przyczyną znacznego osłabienia władzy królowej, która nie chciała jego wyjazdu. Ten konflikt interesów, a następnie sprawa związku Zygmunta II Augusta z Barbarą Radziwiłłówną, doprowadziły ostatecznie, po śmierci króla Zygmunta I Starego, do przeniesienia się Bony wraz z córkami na Mazowsze. Przebywała tam 8 lat. Gdy zrozumiała, że porozumienie z synem nie będzie możliwe, zdecydowała się na wyjazd z Polski do Bari, co uczyniła w 1556. Musiała przy tym, na żądanie szlachty, zrzec się wszystkich posiadanych w Polsce dóbr ziemskich.
Mimo wielkiego poczucia odpowiedzialności za los i pomyślność dynastii i państwa Bona nie zadbała o zamążpójście swych młodszych córek, które dożywszy wieku uznanego za staropanieński straciły szanse na świetniejsze mariaże. Była też niechętna wszystkim mariażom syna – zarówno z kolejnymi Habsburżankami, jak i przede wszystkim przeciw małżeństwu Zygmunta II Augusta z Barbarą Radziwiłłówną, które słusznie uznawała za szkodliwe dla dynastii. W tej kwestii opinia szlachecka w Polsce była zresztą wyjątkowo zgodna z opinią królowej.