mały|upright|List królowej Bony do jej kapuańskiego agenta Pompea Lanzy z 1554 W polityce zagranicznej była zażartą przeciwniczką Habsburgów i zwolenniczką zacieśnienia sojuszu z Francją. Na Węgrzech, w czasie wojen, które miały miejsce po bitwie pod Mohaczem (1526), poparła – przeciwko Habsburgom – Jana Zapolyę, za którego wydała swą najstarszą córkę Izabelę. Bona starała się także o utrzymywanie dobrych stosunków z Portą Osmańską i kontaktowała się z Roksolaną, najważniejszą żoną Sulejmana Wspaniałego. Chciała ona również ostatecznego rozwiązania sprawy Prus Książęcych poprzez ich inkorporację (bezpośrednie włączenie) do Korony. Nie udało się jej zrealizować tego projektu, ale cały czas walczyła z rosnącymi wpływami Hohenzollernów w Polsce. Bona była też rzeczniczką przyłączenia Śląska do Korony w zamian za swoje dziedziczne księstwo Bari i Rossano, ale Zygmunt Stary nie poparł tego pomysłu i całe przedsięwzięcie upadło. W latach trzydziestych udało jej się również przeprowadzić na Litwie reformy podatkowe i rolne (m.in. ujednolicenie powinności chłopskich i jednostki powierzchni – pomiara włóczna).