Później skupowała także liczne posiadłości na Litwie, by w latach 1536–1546 przejąć nadzór nad komorami celnymi na terenie całego Wielkiego Księstwa Litewskiego, co przynosiło ogromne dochody.
W 1527, w wyniku upadku z konia, królowa przedwcześnie urodziła swego drugiego syna Olbrachta, który zmarł w dniu narodzinGrzybowski, Dzieje Polski i Litwy (1506-1648), s. 47.. Po tym wydarzeniu królowa nie mogła mieć więcej dzieci. Bona, chcąc zapewnić ciągłość dynastii Jagiellonów na tronie polskim, postanowiła zmusić szlachtę i magnatów do koronacji jedynego syna, małoletniego Zygmunta Augusta. Najpierw, po długich układach i rozdaniu wielu stanowisk i intratnych beneficjów, szlachta Wielkiego Księstwa Litewskiego oddała mu tron wielkoksiążęcy (ok. 1527–1528). Następnie w 1530 roku koronowano Zygmunta II Augusta na króla Polski. Wywołało to ogromny sprzeciw panów polskich, co doprowadziło do uchwalenia ustawy, że następna koronacja odbędzie się dopiero po śmierci Zygmunta Augusta i to za zgodą całej braci szlacheckiej.