U ketonów niesymetrycznych migruje zwykle grupa lepiej stabilizująca ładunek dodatni. Cykliczne ketony tworzą w reakcji Baeyera-Villigera laktony, natomiast aldehydy tworzą kwasy karboksylowe. Jeśli jednak migrująca grupa jest trzeciorzędowa, zawiera bogatoelektronowe wiązanie wielokrotne lub stanowi pierścień aromatyczny, powstaje wówczas odpowiedni alkohol i kwas karboksylowy (reakcja Dakina). Czasami powstały niestabilny kwas karboksylowy przekształca się w alkohol.
Biokatalityczne utlenianie Baeyera-Villigera Reakcję Baeyera-Villigera można także przeprowadzić jako proces biokatalityczny za pomocą monooksygenazy Baeyera-Villigera (BVMO). Technika ta zapowiada się bardzo obiecująco ze względu na enancjoselektywność oraz zgodność z zasadami zielonej chemii. Sprawia jednak nie rozwiązane dotychczas problemy: wymaga konkretnego substratu, wysokie są koszty kofaktorów jak NADPH oraz samego enzymu (wymaga długotrwałego oczyszczania), występują zawady przestrzenne uniemożliwiające dostęp cząsteczek wody, stosowanej jako środowisko reakcji. Utlenianie in vivo za pomocą mikroorganizmów przysparza dodatkowych komplikacji.