W chwili wybuchu wojny przebywał w Płocku, przygotowując z innymi profesorami seminarium nowy rok akademicki. W listopadzie 1939 został aresztowany przez Niemców i przez kilka dni w miejscowym więzieniu był przetrzymywany w charakterze zakładnika. Po przejęciu gmachu seminaryjnego przez Niemców w grudniu tegoż roku, za zgodą ordynariusza wyjechał z Płocka i osiadł w podwarszawskim Międzylesiu. Był tam kapelanem Sióstr Rodziny Maryi, pomagał księżom w pracy duszpasterskiej, prowadził rekolekcje. Nie uczestniczył regularnie w zorganizowanej działalności konspiracyjnej, chociaż wygłaszał konspiracyjne wykłady dla alumnów. W sierpniu 1944 został wysiedlony, jakiś czas przebywał w obozie w Pruszkowie, końca wojny doczekał w Grodzisku Mazowieckim.
Już wiosną 1945 odebrał nominację administratora diecezji płockiej ks. Stanisława Figielskiego na rektora Seminarium Duchownego w Płocku. Powrót Słonickiego do Płocka opóźnił się nieco przez wypadek w Warszawie – na wóz, którym jechał duchowny z siostrzeńcem i trzema innymi osobami, zawaliła się ściana zniszczonego budynku;