Jednak 16 czerwcaw źródłach również 18 czerwca 1848 około 18:00 wichura podczas gwałtownej burzy z gradobiciem strąciła hełmy z wież. Od razu zawiązał się „Komitet Odbudowy Wieżyc Kościoła Jezuickiego”, który rozpoczął zbieranie składek. W 1857 przykryto je tymczasowymi daszkami, a w latach 1880–1882 odbudowano w formie neogotyckiej, przywracając ich dawną wysokość. Przy tej okazji zmieniono również wygląd zewnętrzny fasady w stylu neoklasycystycznym oraz zbudowano taras ze schodami przed wejściem. W 1881 gmina niemiecka ufundowała 3 dzwony (św. Ignacy, św. Bonifacy, św. Wojciech), z których I wojnę światową przetrwał tylko najmniejszy dzwon – św. Wojciech.
Okres międzywojenny 1920–1939 W okresie międzywojennym, mimo że kościół oficjalnie należał do katolików niemieckich, co niedziela suma o 11.00 była odprawiana w języku polskim. W 1925 zarwała się posadzka przy głównym ołtarzu i wówczas dokonano oględzin podziemi kościoła. W podziemnej krypcie znaleziono 86 trumien z II połowy XVII wieku. W krypcie pod bocznym ołtarzem znajdowała się trumna Franciszka Ossolińskiego, przedwcześnie zmarłego w 1648 starosty bydgoskiego, jedynego syna kanclerza wielkiego koronnego Jerzego Ossolińskiego. Kościół był chętnie odwiedzany przez turystów zauroczonych jej stylem włoskiej proweniencji.