kolejne etapy przebudowy świątyni i kolegium trwały do 1740 roku.
Okres rozbiorów 1772-1920 W 1780 po kasacie jezuitów, kościół przeszedł pod kuratelę parafii farnej. W 1806 wojska francuskie urządziły swój sztab w kościele. Duchowieństwo, w obawie przed zbezczeszczeniem cudownego krzyża z ołtarza głównego, przeniosło go do kościoła farnego i już stamtąd nie powrócił.
W 1806 patronem świątyni został św. Ignacy Loyola. W latach 1814–1830, gdy remontowany był kościół farny, jego funkcję pełnił kościół pojezuicki. Odprawiano w nim nabożeństwa zarówno dla Polaków, jak i dla Niemców. 18 sierpnia 1834 świątynię oficjalnie przekazano niemieckiej wspólnocie katolickiej, zmieniając przy tym fasadę kościoła.
Znakami Bydgoszczy i okolicznej przestrzeni już od XVIII w. stały się dwie barokowe wieże kościoła. Anonimowi autorzy w 1843 pisali o „szczególnie pięknych wieżach kościelnych, prawdziwej ozdobie miasta”. Natomiast w 1848 pisano o kościele: