Do kaplicy Matki Boskiej obraz ołtarzowy wykonał pochodzący z Galicji malarz Antoni Procajłowicz, w latach 1922–1924 wykładowca Państwowej Szkoły Przemysłu Artystycznego w Bydgoszczy.
Okres wojny 1939–1940 Podczas krwawej niedzieli w Bydgoszczy 3 września 1939 dywersanci niemieccy strzelali z wież kościoła do Polaków. Po zajęciu miasta przez hitlerowców nowy nadburmistrz Bydgoszczy, nazista Werner Kampe zarządził przebudowę centrum miasta na modłę narodowosocjalistyczną. Doprowadził on do realizacji pomysłu wyburzenia zachodniej pierzei rynku i wschodniej pierzei ul. Mostowej, aby stworzyć przestrzeń dla nowego ratusza w stylu „hitlerowskim” i zapewnić odpowiednią przestrzeń dla defilad wojskowych. Legenda głosi, że podczas rozstrzeliwań 9 września 1939 na ścianie kościoła odcisnęła się ręka księdza (Piotra Szarka lub Stanisława Wiórka z parafii św. Wincentego a Paulo), której Niemcy nie potrafili zetrzećLegenda o śladzie dłoniŚlad ręki na murze kościoła. Poza licznymi relacjami świadków nie udało się jednak udowodnić wystąpienia tego zjawiska, którego nie widać na zdjęciach z rozbiórki kościoła, przez co sprawa do dziś budzi kontrowersje. Wyburzenie kościoła przeprowadzono od 18 stycznia do 27 marca, a kamienic do 23 października 1940 roku. W zamian hitlerowcy nie zdążyli postawić nic nowego.