W ścianie zachodniej i południowej korpusu nawy wybito duże otwory bramne, zamurowano dolne partie otworów okiennych, w kaplicy Łochowskiego przepruto od południa duży otwór drzwiowy, a od wschodu dobudowano nieco niższy aneks z płaskim dachem osłoniętym pseudokrenelażem. Wewnątrz świątyni dokonano istotnych przebudówJankowski Aleksander. Kościół Klarysek pod wezwaniem Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny w Bydgoszczy. [w.] Kronika Bydgoska – tom specjalny wydany z okazji wizyty papieża Jana Pawła II w Bydgoszczy. Bydgoszcz 1999: zamurowano łuk tęczowy; podzielono prezbiterium na dwie kondygnacje, tworząc na piętrze mieszkanie komendanta; część otworów okiennych zlikwidowano, a część zmniejszono i wypełniono oknami skrzydłowymi; otwór okienny nad kaplicą Łochowskiego przerobiono na drzwiowy, prowadzący na taras widokowy urządzony na dachu; dwukondygnacyjną zakrystię panieńską (wówczas krytą osobnym dachem), przerobiono na klatkę schodową; w nawie zlikwidowano ścianę, która wydzielała wagę miejską.