W 1888 r. bydgoskie Towarzystwo Historyczne Obwodu Nadnoteckiego udostępniło dla celów wystawienniczych emporę chóru panieńskiego. Ekspozycję zbiorów historycznych na chórze zainicjowano w 1890 r. W tym celu przy północnej ścianie wzniesiono zewnętrzną klatkę schodową. W następnych latach związek kościoła z Towarzystwem Historycznym zaowocował planowo i systematycznie prowadzonymi zabiegami konserwatorskimi. Około 1900 r. założono w nawie podciągi stropu, a w 1901 r. zamontowano na wieży zegar z dwiema tarczami oraz zrekonstruowano barokowy hełm wieży. Początkowo miał on być wykonany w skromniejszej postaci według projektu z 1897 r., ale ostatecznie miejski radca budowlany Carl Meyer przy współpracy konserwatora zabytków prowincji poznańskiej Juliusa Kohte zmienił projekt, wykorzystując rysunek inwentaryzatorski Ferdinanda von Quasta z 1844 r. Kościół poddawano w tym czasie pracom renowacyjnym tak, aby po zainstalowaniu odtworzonego hełmu, świątynia była ozdobą centrum miasta.