Wyposażenie kościoła rozparcelowano między różne świątynie, m.in.: ołtarz główny przekazano kościołowi w Sypniewie, ołtarz boczny trafił do Osielska, kratę żelazną zainstalowano w bramie cmentarza Starofarnego w Bydgoszczy, jeden z ołtarzy bocznych oraz płytę nagrobną Zofii Smoszewskiej przeniesiono do bydgoskiego kościoła farnego.
Kościół po sekularyzacji przeznaczano na różne cele. Początkowo znajdował się w nim magazyn ((wynajmujący pomieszczenia Carl August Franke był znanym producentem wyrobów spirytusowych). Partię zachodnią nawy (z dawną emporą chóru panieńskiego), wydzielono ścianą i zaadaptowano na wagę miejską. Do magazynu prowadziło osobne wejście, przeprute w ścianie południowej.
W czerwcu 1848 r. silna wichura strąciła metalową konstrukcję hełmu wieży. Rok później zastąpiono ją niskim, ośmiopołaciowym daszkiem namiotowym. W czerwcu 1863 r. w świątyni ulokowano Zakład Oczyszczania Ulic i Latryn. Następnie, w roku 1875, budowlę przeznaczono na remizę strażacką, wydzielając pomieszczenia na wozy gaśnicze i stajnie. Adaptacja do nowej funkcji mocno ingerowała w pierwotną strukturę architektoniczną wnętrz i elewacji.