W tyle kościoła znajdował się obszerny chór podparty sklepieniami. W ścianach znajdowało się 21 okien oraz 34 obrazy. Kościół w prezbiterium posiadał flizowaną posadzkę kamienną, a w nawie – ceglaną.
Przy stopniach wielkiego ołtarza umieszczono dwa groby: pierwszej przełożonej Zofii Smoszewskiej oraz grób jej siostrzenicy Rozdrażewskiej. Natomiast pod ołtarzem św. Katarzyny znajdowała się krypta, gdzie chowano ksienie klasztorne, a pod zakrystią kapłańską grobowce dla pozostałych zakonnic.
Wyposażenie kościele obejmowało m.in.: dzwonki, mszały, książki, monstrancje, kielichy, ampułki, krzyże, lichtarze, lampy, sukienki, wota, ornaty, kapy, namioty, materiały, alby, komże i pasy.
Okres zaboru pruskiego W 1835 r. nastąpiła kasata klasztoru i kościoła oraz przesiedlenie sióstr klarysek do Gniezna. Budynki klasztorne przekazano miastu, zaś los kościoła pozostawiono w gestii indywidualnej decyzji nadprezydenta Wielkiego Księstwa Poznańskiego Eduarda Flottwella. Zdecydował on o tym, aby zaniechać w kościele kultu religijnego, a jego wnętrze przeznaczyć na inne cele.