Najwcześniej w 1545 roku książę Wacław III Adam uznał luteranizm za oficjalne wyznanie w księstwie cieszyńskim, choć wyznanie samego księcia jest trudne do jednoznacznego ustalenia aż do lat 60. XVI wieku. Jednocześnie na skutek rozrzutności synów księcia nastąpiło znaczne uszczuplenie majątku książęcego, który w części został sprzedany w prywatne ręce. Do tej pory cały obszar księstwa był w bezpośrednim władaniu księcia bądź jego wasali. W 1572 roku z księstwa cieszyńskiego zostały wydzielone państwa stanowe niższego rzędu: bielskie (przekształcone w 1752 roku w księstwo), frysztackie i frydeckie. W 1609 roku książę Adam Wacław przeszedł na katolicyzm. Rozpoczął się okres kontrreformacji, który miał tragiczne skutki demograficzne dla księstwa.