Wśród kleru popularność zdobył radykalny nacjonalizm, reprezentowany przez ekstremistyczną Chorwacką Partię Prawa, a następnie przez ruch ustaszy. Chorwaccy nacjonaliści uważali bowiem religię katolicką za część swojej tożsamości narodowejOgyanova (2009), s. 158-159. Po wprowadzeniu dyktatury króla Aleksandra I, Kościół mocno się zradykalizował, szczególnie po nieudanej próbie ratyfikacji konkordatu w połowie 1930 rokuBiondich (2007), s. 391Biondich (2005), s. 81.

Rząd starał się załagodzić nacjonalistyczne napięcia poprzez szanowanie instytucji religijnych i deklaracje poparcia dla umiarkowanych hierarchów. Popularnością rządu cieszył się Alojzije Stepinac, dawny żołnierz serbskiej armii walczący na froncie macedońskim, uważany przez rząd w Belgradzie za zwolennika JugosławiiShelah (1989), s. 324.

W kolejnych latach, podczas gdy Watykan i regionalna hierarchia próbowała negocjować z rządem, natomiast duchowieństwo parafialne wpajało Chorwatom program podobieństwa nacjonalizmu chorwackiego i katolicyzmu. Część z nacjonalistycznych duchownych było słabo wykształcona. Radykalizacja zachodząca w środowisku kościelnym doprowadziła do zbliżenia się przedstawicieli tegoż środowiska do ustaszy - ruch ten narodził się w latach 30. i reprezentował pozycje skrajnej prawicy.