Jak się okazało zażarty antykomunizm, wrogość do idei Jugosławii i prawosławia przyczyniła się do wzrostu w Kościele sympatii pronazistowskichBiondich (2006), s. 438.
W latach 30. Kościół przejawiał coraz bardziej pozytywny stosunek do kwestii niepodległościBiondich (2007), s. 390.
Niezależne Państwo Chorwackie
right|thumb|205px|Biskup Alojzy Stepinac W 1941 utworzono satelickie państwo Niemiec nazistowskich, Niezależne Państwo Chorwackie (NDH). Watykan, jak i Kościół chorwacki z entuzjazmem przyjęli upadek Jugosławii na skutek klęski w wojnie obronnejShelah (1989), s. 326Krišto (2007), s. 26Kolsto (2011), s. 39. Pozytywnie przyjęto też utworzenie NDH. Utworzony przez ustaszy rząd Ante Pavelicia i Kościół łączył m.in. silny katolicyzm przywódcy ustaszy, a także przekonanie ustaszy, iż „stosunki z Watykanem były równie ważne jak stosunki z Niemcami”Phayer, 2000, s. 32.
Ustasze ogłosili katolicyzm oficjalną religią państwowąBiondich (2006), s. 439. W liście pasterskim biskup Stepinac poprosił wiernych i duchownych o wspieranie rząduBiondich (2006), s. 440Kolsto (2011), s. 40. W kościołach odbyć się miała modlitwa o dobro NDH.