Mimo to proboszcz parafii w Kobylanach przeszedł do Kościoła neounickiego (jak podaje Pelica – głównie ze względów materialnych). Ministerstwo odmówiło wówczas zarejestrowania, jako administratora etatowej placówki prawosławnej, nowego kapłana wyznaczonego przez metropolitę warszawskiego. Cerkiew pozostawała mimo wszystko w rękach Kościoła prawosławnegoW odróżnieniu od cerkwi w Kostomłotach, która stała się świątynią katolicką obrządku bizantyjsko-słowiańskiego i nadal (według danych z 2013) nią pozostaje. Wobec odmowy rejestracji nowego proboszcza metropolita Dionizy kierował do Kobylan mnicha Nifonta (Niedźwiedzia) z monasteru w Jabłecznej, a gdy władze lokalne uznały jego działalność za nielegalną (duchowny nie został zarejestrowany jako etatowy) – hieromnicha Pankracego z ławry Poczajowskiej. Ostatecznie jeszcze w 1927 cerkiew na nowo zaczął obsługiwać etatowy duchowny parafialny.
W czasie akcji rewindykacji cerkwi prawosławnych cerkiew w Kobylanach nie była w żadnym momencie zagrożona zniszczeniem. W 1938, po zburzeniu ponad stu świątyń prawosławnych na ziemi chełmskiej, przewieziono do niej część elementów wyposażenia rozebranych obiektów sakralnych (niektóre znalazły się w prywatnych domach).