Cerkiew pozostawała nieprzerwanie czynna w czasie II wojny światowej i w latach powojennych. Obiekt był remontowany w latach 80. XX wieku (wtedy dokonano także renowacji ikonostasu), a następnie na początku XXI w.. W 2013 diecezja lubelsko-chełmska uzyskała dotację na kolejny remontPodpisanie umowy o dofinansowanie remontu 7 cerkwi w województwie lubelskim i podlaskim. W ramach ukończonego do 2016 remontu odnowiono dach (zmieniając postać kopuł i dzwonnicy) i elewację (w tym mozaikę na zewnętrznej ścianie prezbiterium, przedstawiającą Matkę BożąOficjalna strona Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego – Kobylany – Opieki Matki Bożej w odnowionej cerkwi [dostęp: 15.10.2016.]), odizolowano ściany fundamentowe, odnowiono posadzki, ściany wewnętrzne i stolarkę. Cały budynek pomalowano na biało. Po zakończonym remoncie, cerkiew została uroczyście poświęcona 14 października 2016 przez arcybiskupa lubelskiego i chełmskiego Abla. W 2017 Wojewódzki Konserwator Zabytków w Lublinie przyznał cerkwi Laur Konserwatorski (za najlepiej odrestaurowany zabytek w danym roku)Oficjalna strona Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego – Laur Konserwatorski za odnowioną cerkiew w Kobylanach [dostęp: 28.04.2017.]. Po zakończeniu remontu wnętrza, świątynia została 18 lipca 2021 r.