Mimo to w 1919 cerkiew została zarejestrowana jako siedziba parafii, jedna z trzech czynnych świątyń prawosławnych w powiecie bialskim. W 1921 Ministerstwo Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego Rzeczypospolitej potwierdziło legalność funkcjonowania cerkwi w Kobylanach oraz jej filii w Horbowie. Raport starosty bialskiego opisuje, iż w tym momencie świątynia była w średnim stanie technicznym. Wymagała „odświeżenia” wewnątrz, remontu dachu i odbudowy zniszczonych wież. Regularne nabożeństwa w świątyni odbywały się od 1924. Była to wówczas jedna z czterech czynnych cerkwi w powiecie bialskim, a zarazem jedna z ośmiu w dekanacie bialskim diecezji warszawsko-chełmskiej.
Cerkiew w Kobylanach, obok cerkwi w Kostomłotach, miała – zgodnie z planami biskupa siedleckiego Henryka Przeździeckiego – stać się siedzibą parafii neounickiej. W obydwu miejscowościach doszło do zamieszek, gdy neounici pragnęli przejąć świątynie wraz z wyposażeniem, zaś prawosławni – nie dopuścić do ich utraty. Aby nie dopuścić do utraty świątyni, prawosławny metropolita warszawski i całej Polski Dionizy osobiście odwiedził świątynię w czerwcu 1927. Towarzyszący mu kaznodzieja wygłosił w cerkwi homilię, w której surowo krytykował politykę wyznaniową państwa, postawę hierarchii katolickiej wobec prawosławia i samą neounię.