Cząstki CD używane są również przy sortowaniu komórek z zastosowaniem różnych metod – między innymi cytometrię przepływową (FACS). Populacje komórkowe są z reguły definiowane użyciem symbolu ‘+’ lub ‘–’, aby wskazać czy dana frakcja komórek wykazuje daną cząsteczkę CD na swojej powierzchni. Na przykład „CD34+”, „CD31–” oznacza komórkę na której powierzchni znajduje się cząstka CD34, ale brak CD31. Powyższa kombinacja odnosi się do markerów obecnych na powierzchni komórek macierzystych, ale nieobecnych na przykład na powierzchni śródbłonka.
Typ komórki Marker CD komórka macierzysta CD34+, CD31– wszystkie grupy leukocytów CD45+ granulocyty CD45+, CD15+ monocyty CD45+, CD14+ limfocyty T CD45+, CD3+ limfocyty Th CD45+, CD3+, CD4+ limfocyty Tc CD45+, CD3+, CD8+ limfocyty B CD45+, CD19+ lub CD45+, CD20+ trombocyty CD45+, CD61+ komórki NK CD16+, CD56+, CD3–