Przebieg badania Wykonanie gastroskopii poprzedzone jest zwykle znieczuleniem miejscowym gardła, polegającym na jego spryskaniu roztworem środka znieczulającego (zwykle jest to lidokaina). Zmniejsza to dolegliwości towarzyszące badaniu. Następnie pacjent kładzie się na lewym boku, zakładany jest ustnik chroniący zęby oraz endoskop i rozpoczyna się właściwe badanie. Instrument wprowadza się przez jamę ustnąStosuje się też specjalne cienkie panendoskopy wprowadzane przez nos. Wykonywane w ten sposób badanie jest bardziej komfortowe dla pacjenta. Jednak obecnie (2013-10) bardzo niewiele pracowni endoskopowych w Polsce dysponuje takimi instrumentami. i gardło do przełyku. Czas trwania badania jest różny: od, najczęściej, około 5 minut do pół godziny. Panendoskopia nie jest zwykle badaniem bolesnym, ale u wielu pacjentów może powodować nieprzyjemnie odczucia (odruch wymiotny, wrażenie "duszenia się", kaszel, odbijanie). Powodowane jest to zarówno drażnieniem receptorów błony śluzowej języka i gardła, jak i rozdymaniem żołądka przez wdmuchiwane do niego powietrze.