Obi-Wan wraz z batalionem klonów rozpoczął tam bitwę, pod koniec której zabił bio-droida strzałem z blastera. Wtedy też jego żołnierze zwrócili się przeciwko niemu, gdyż Palpatine (przebywający na Coruscant) ogłosił się Imperatorem i wydał Rozkaz 66. Kenobi uniknął śmierci i odnalazł przyjaciela – Baila Organę i Yodę – z którymi podążył do stolicy galaktyki.
Tam okazało się, że Palpatine jest Mrocznym Lordem Sithów i uwiódł Anakina obietnicą potęgi, która miała dać możliwość ocalenia swojej ukochanej przed śmiercią. Skywalker przeszedł na Ciemną Stronę Mocy i zabił wszystkich Jedi w ich świątyni, a następnie udał się do układu Mustafar, by wyeliminować ostatnich przywódców Separatystów, którzy nie byli już potrzebni – prowadzącemu przez wiele lat podwójne życie – Palpatine’owi. Obi-Wan wspólnie z Yodą zadecydował, że należy zniszczyć obydwu Sithów. Sam miał za zadanie wytropienie (do czego wykorzystał Padme) i zgładzenie Anakina.