Jednak podobnie jak oni uwolnił się na miejscu egzekucji i wziął udział w bitwie, która zapoczątkowała Wojny klonów. Został ranny i pokonany w pojedynku z Dooku i uratowany od śmierci z rąk hrabiego najpierw przez Anakina, a potem Yodę.
Pojedynek z uczniem Trzy lata później (19 BBY – Zemsta Sithów) wojna miała się już ku końcowi. Jedna z ostatnich bitew miała miejsce na orbicie Coruscant. Obi-Wan i Anakin przeprowadzili misję uwolnienia Wielkiego Kanclerza Palpatine’a z rąk Separatystów. Więzień przebywał na krążowniku Niewidzialna Ręka, którym dowodził Generał Grievous. Został ranny podczas kolejnego pojedynku z hrabią Dooku i stracił przytomność. Odzyskał ją, dopiero gdy Anakin zabił hrabiego i wraz z Palpatine’em szukał drogi ucieczki ze statku. Szczęśliwie udało im się wylądować wrakiem okrętu na powierzchni Coruscant.
Obi-Wan otrzymał tytuł mistrza i zasiadał w Radzie Jedi. Spierał się z Anakinem o sposób prowadzenia Republiki przez Kanclerza, co do którego uważał, że posiada za dużo władzy w swoich rękach. Młody uczeń nie chciał go jednak słuchać i bronił swojego przyjaciela. Kilkakrotnie na tym tle dochodziło między nimi do sprzeczek. Podczas sesji Rady mistrzowie ustalili, że Kenobi podąży na Utapau, gdzie ukrywa się Grievous.