Cesarstwo było ostatnim spadkobiercą Bizancjum, więc siłom zaangażowanym po stronie łacinników zależało na jego likwidacji. Przeciwko Cesarstwu skupiła się koalicja, której organizatorem był król Sycylii Manfred, mający po swej stronie Cesarstwo Łacińskie, Despotat Epiru, Księstwo Achai i Królestwo Serbii. Do starcia doszło jesienią 1259 pod Pelagonią na Równinie Pelagońskiej. Michał wyszedł z niego obronną ręką. Umocnił tym samym swoją pozycję w rejonie Morza Egejskiego. Uzyskał dla Cesarstwa kilka ważnych miast na Peloponezie, w tym – słynną później z pielęgnowania kultury bizantyjskiej – Mistrę. Ciągle jednak zagrażała mu Wenecja, przeciw której jednak zawarł sojusz z Genueńczykami. Otworzyło mu to drogę do zdobycia Konstantynopola. Mając okazję przejęcia Konstantynopola, kazał oślepić młodego Jana IV i zrzucił go z tronu, kończąc w ten sposób rządy dynastii LaskarysówPaleologowie, seria: "Dynastie świata", Warszawa 2011, s. 12..