Okres 1883–1925 thumb|bp Epifaniusz – ostatni wikariusz apostolski w Salonikach Po uzyskaniu przez Bułgarię autonomii powstała potrzeba reorganizacji administracji Kościoła, czego dokonano w 1883. Utworzono bułgarską archieparchię konstantynopolitańską oraz dwa wikariaty apostolskie: macedoński z siedzibą w Salonikach i tracki z siedzibą w Edirne, obejmujący obszar Księstwa Bułgarii i Rumelii Wschodniej. Na czele całego Kościoła pozostał, awansowany do rangi arcybiskupa konstantynopolitańskiego, Nil. W Macedonii wikariuszem apostolskim został bp Łazarz Mladenow, a w Tracji bp Michał Petkow – pierwszy bułgarski biskup katolicki, który uzyskał wykształcenie w seminariach katolickich.
W 1894 zostały ujawnione skandale finansowe biskupa Mladenowa, czego efektem było pozbawienie go urzędu wikariusza apostolskiego, a w grudniu 1894 jego przejście do Cerkwi Prawosławnej. Kryzys pogłębił się wiosną 1895, kiedy to do Cerkwi Prawosławnej odszedł również abp Nil. W kwietniu bp Mladenow powrócił do Kościoła katolickiego, ale nie objął on ponownie wikariatu macedońskiego, a na jego miejsce nowym biskupem został wybrany Epifaniusz Szanow. Tymczasowym administratorem wikariatu konstantynopolitańskiego został ksiądz Nikifor Donchew, jednak władze tureckie oczekiwały stałego przedstawiciela Katolickiego Kościoła Bułgarskiego.