Jednocześnie członkowie tego Kościoła zwolnieni byli z płacenia danin na rzecz Patriarchatu Konstantynopolitańskiego, co spowodowało wzrost liczy wiernych do 30 000.
Sytuacja pokrzyżowała plany Moskwie, dlatego 6 czerwca abp Sokołski został uprowadzony do Odessy, następnie przewieziony do Kijowa, gdzie został osadzony w Ławrze Peczerskiej i spędził ostatnie lata życia. W wyniku tego wydarzenia tymczasowy zarząd nad wikariatem został powierzony archimandrycie Piotrowi Arabadzyńskiemu i Polakowi Franciszkowi Malczyńskiemu, duchownemu greckokatolickiemu.
14 marca 1864 administratorem apostolskim został archimandryta Rafał Popow. Sakrę biskupią otrzymał 7 listopada 1865. W 1866 przeniósł się do Edirne, pozostawiając w Stambule wikariusza generalnego. Biskup Rafał pełnił funkcję aż do swojej śmierci w lutym 1876. Kolejnym biskupem został Nil Izworow.