W tej sytuacji administratorem sede vacante został ksiądz Michał Mirow. Okres sedewakacji trwał aż do 1907, kiedy to Michał Mirow został wyświęcony na arcybiskupa i mianowany zwierzchnikiem Bułgarskiego Kościoła Katolickiego. Funkcję tę pełnił aż do śmierci w 1923.
Z powodu wojen bałkańskich i towarzyszącym im prześladowaniom grekokatolików około 10 000 katolickich Bułgarów była zmuszona do ucieczki z zamieszkiwanych przez siebie obszarów Macedonii i Tracji do Bułgarii. Zostały zamknięte seminarium duchowne w Salonikach, Bułgarskie Liceum w Edirne oraz inne charytatywne instytucje kościelne. W 1915 biskup Michał Petkow przeniósł się do Sofii, skąd administrował diecezją aż do końca I wojny światowej. W 1916 bp Epifaniusz Szanow został internowany, a następnie w 1919 wydalony z terytorium Grecji, w którym znalazły się Saloniki. Udał się na wygnanie do rodzinnej wioski w Bułgarii, gdzie w 1921 dostał ze Stolicy Apostolskiej zwolnienie z urzędu. W tym samym roku umarł również bp Petkow. W tej sytuacji tymczasowym administratorem apostolskim obydwóch wikariatów mianowano archimandrytę Christophera Kondowa, a Kongregacja ds. Kościołów Wschodnich wyznaczyła do pomocy swojego przedstawiciela egzarchę Isaiasa Papadopoulosa.