31 stycznia 1948 roku kościół został ponownie przekazany ewangelikom. W 1948 roku Zarząd Mienia Kościelnego Diecezji Pomorsko-Wielkopolskiej wyraził w piśmie do starosty kolskiego Jana Oliskiewicza chęć wynajęcia kościoła, do zawarcia umowy jednak nie doszło. Kościół próbowała przejąć Publiczna Średnia Szkoła Zawodowa w celu przeznaczenia go na salę gimnastyczną oraz Centrala Zielarska w Poznaniu w celu założenia w nim magazynu, indywidualni mieszkańcy usiłowali także zakupić kościół w celu jego rozbiórki. 15 września 1949 roku staraniem Ewalda Diesnera konsystorz wyraził zgodę na odbudowę kościoła w Kole, z czym też zwrócono się do starostwa w Kole i Regionalnego Urzędu Planowania Przestrzennego w Poznaniu, który jednak odrzucił propozycję. Mimo to w 1949 roku wykonano nowe drzwi wejściowe do kościoła, zamurowano również wyrwy w murze powstałe w wyniku ostrzału oraz wykonano nową latarnię na kopule wieży.