W 1950 roku urząd wojewódzki zaproponował ewangelikom plac pod budowę nowego kościoła i pastorówki, gdyż dotychczasowe miejsce usytuowania kościoła miało zostać przeznaczone na targowisko. W 1951 roku sprzedaży kościoła zażądała od Zarządu Mienia Kościelnego Dyrekcja Okręgowa Poczty i Telekomunikacji, grożąc jego wywłaszczeniem. 13 grudnia 1952 roku wojewódzka rada narodowa wywłaszczyła kościół na rzecz Poczty Polskiej, orzeczenie o wywłaszczeniu zostało jednak uchylone w 1957 roku. W 1952 roku wykonano nowe okna i drzwi, podjęto także starania o zwrócenie z kolskiej fary ławek, co spotkało się z przychylnością proboszcza parafii katolickiej, ale sprzeciwem kościelnego i do kościoła wróciła tylko część ławek. Pierwsze po wojnie nabożeństwo odprawiono w kościele 1 listopada 1952 roku, a przewodził mu ks. Karol Świtalski.
W latach 70. XX wieku kościół planowano wynająć w celu urządzenia w nim sali gimnastycznej dla pobliskiego Liceum Ekonomicznego. W 1970 roku w kościele założono instalację elektryczną i przeprowadzono remont dachu, a w 1977 roku wymieniono rynny. W 1986 roku naprawiono murowane wieżyczki i dach.