W czasie II wojny światowej, podczas walk o Koło, w wieży kościoła umieszczono niemiecki karabin maszynowy, co doprowadziło do zniszczenia wieży i kościoła w wyniku ostrzału artyleryjskiego. Zrujnowany kościół został ograbiony przez żołnierzy Armii Czerwonej, a następnie szabrowników – mieszkańców miasta. Według relacji świadków, z kościoła skradziono żyrandol, obraz z ołtarza oraz rozbito chrzcielnicę i rozmontowano organy. Pozostałe w kościele wyposażenie liturgiczne zostało zdemontowane i zmagazynowane w kościele Podwyższenia Krzyża Świętego, a nadzór nad kościołem przejął Okręgowy Urząd Likwidacyjny w Poznaniu. Dzwony trafiły do parafii katolickich w Osieku Wielkim i Białkowie Kościelnym (według relacji świadków miały znaleźć się w Dobrowie), a ambona do parafii w Dębach Szlacheckich.