Podczas II wojny bałkańskiej 30 czerwca 1913 wojska serbsko-czarnogórskie (190 tysięcy żołnierzy) pod jego dowództwem pokonały w bitwie nad rzeką Bregalnicą w Macedonii 130 tysięczną armię bułgarską.
I wojna światowa thumb|left|Putnik w swoim biurze Po wybuchu I wojny światowej mianowany przez króla Piotra I głównodowodzącym wojsk serbskich. Mimo kłopotów ze zdrowiem stanowisko przyjął. Podczas walk obronnych autor wielkich militarnych zwycięstw nad armią austro-węgierską (wykonawcami byli przeważnie młodsi oficerowie, Putnik z uwagi na zły stan zdrowia większość czasu spędzał w sztabie planując operacje bojowe). Po wojnach bałkańskich wojsko serbskie było zaprawione w bojach i dobrze znało się na rzemiośle wojennym w trudnym górzystym terenie. Sprawiło to, że ofensywa Austro-Węgier na Serbię w 1914 roku nie zakończyła się sukcesem. W sierpniu 1914 armia serbska pokonała wojska austro-węgierskie w bitwie na górze Cer. Putnik był autorem spektakularnego zwycięstwa nad armią austro-węgierską nad rzeką Kolubarą (grudzień 1914), która zakończyła się odbiciem zajętego przez Austriaków Belgradu i wkroczeniem wojsk serbskich na terytorium Austro-Węgier. Pokonanie 450 tysięcznej armii generała Oskara Potiorka było wybitnym dziełem sztuki wojennej.