Po tym zwycięstwie nastąpiła stabilizacja frontu na linii rzek Dunaj, Sawa i Drina do jesieni 1915 roku.

Na jesieni 1915 roku wojska niemieckie, austro-węgierskie i bułgarskie dowodzone przez marszałka Augusta von Mackensena, z trzech stron rozpoczęły ofensywę przeciwko Serbii siłami ok. 300 tysięcy żołnierzy. Otoczone wojska serbskie nie miały szans na zwycięstwo i po przegranych bitwach nad Moravą, na Ovczym Polu i decydującej na Kosowym Polu na przełomie listopada i grudnia 1915 roku Putnik rozkazał wycofanie sił przez Czarnogórę w stronę Albanii z nadzieją na udaną ewakuację na Wyspy Jońskie. Z powodu braków zaopatrzenia, zimowa przeprawa sił serbskich przez wrogo nastawiony kraj została okupiona ogromnymi stratami. Szacuje się, że z powodu zimna, głodu i ataków nieprzyjaciela zginęło ok. 100 tysięcy żołnierzy serbskich. Do wybrzeża Adriatyku udało się dotrzeć ok. 125 tysięcy żołnierzy. Zostali oni przetransportowani przez francuską flotę na wyspę Korfu w celu przegrupowania.

W 1916 roku złożył dowództwo i przeszedł w stan spoczynku. Ciężko schorowany (z uwagi na słabość do tytoniu cierpiał na rozedmę płuc) wyjechał do Francji na leczenie. W sojuszniczym kraju witany był z honorami, a rząd francuski podarował mu willę. 17 maja 1917 zmarł we francuskiej Nicei.