W latach 1876–1878 uczestnik wojny serbsko-tureckiej, której efektem było odzyskanie niepodległości przez Serbię. Od 1886 do 1895 profesor w Akademii Wojennej. Od 1889 Szef Sztabu armii serbskiej, jednakże konflikt z królem Milanem I Obrenowiciem i jego następcą Aleksandrem zmusił go do ustąpienia i zatrzymał jego karierę. W 1903 pucz wojskowy obalił dynastię Obrenowiciów, wynosząc na tron dynastię Karadziordziewiciów. Po wojskowym zamachu stanu przeciwko królowi Aleksandrowi I, zamordowanemu przez organizację Czarna Ręka, Putnik został zrehabilitowany i przywrócony do służby na stanowisko szefa sztabu. W 1903 został awansowany do stopnia generała. Był twórcą reorganizacji armii serbskiej i zwolennikiem promocji młodych, zdolnych oficerów.

Trzykrotnie (w latach 1904–1905, 1906–1908 i w 1912) był ministrem wojny.

Wojny bałkańskie W 1912 po wybuchu I wojny bałkańskiej stał na czele zwycięskich starć armii serbskiej w walkach z Turkami. 24 października 1912 rozgromił armię turecką Zeki Paszy w bitwie pod Kumanowem. W wyniku zasług wojennych po tej bitwie otrzymał awans na najwyższy w armii serbskiej stopień vojvody (marszałka) Serbii. Putnik był pierwszym oficerem w historii, który otrzymał ten stopień.