Do decyzji Glińskiego przyczyniły się zamówione przez ministerstwo nieprzychylne recenzje Wystawy Głównej muzeum autorstwa Jana Żaryna, Piotra Semki oraz Piotra Niwińskiego.
Pod koniec roku 2016 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku zakwestionował decyzję ministra kultury o połączeniu placówek i nakazał wstrzymanie prac nad ich połączeniem do czasu rozpoznania sprawy. Decyzja sądu została uznana przez Ministerstwo Kultury za nieprawomocną. W styczniu 2017 roku Naczelny Sąd Administracyjny uchylił postanowienie WSA.
30 stycznia 2017 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie wstrzymał połączenie muzeów do czasu prawomocnego rozpoznania zażalenia złożonego przez dyrekcję muzeum i Rzecznika Praw Obywatelskich. 23 marca muzeum zostało udostępnione dla zwiedzających. 5 kwietnia Naczelny Sąd Administracyjny ostatecznie oddalił wniosek o wstrzymanie wykonania zarządzenia Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego. 6 kwietnia na p.o. dyrektora połączonych placówek został mianowany dr Karol Nawrocki.
17 września 2019 przed muzeum odsłonięto pomnik Witolda Pileckiego, przedstawiający rotmistrza w mundurze i z czapką obozową w dłoni. Autorem postumentu, którego odlanie i ustawienie kosztowało 400 tys.