Tekst koncepcji oraz zapis dyskusji zostały ogłoszone drukiem„Przegląd Polityczny” nr 91/92, 2008., są także dostępne bezpośrednio na stronie internetowej Muzeum. Przy opracowaniu koncepcji i treści wystaw współpracowali znawcy historii II wojny światowej i totalitaryzmów, m.in. Norman Davies, Timothy Snyder, Tomasz Szarota, Włodzimierz Borodziej i Jerzy Wojciech Borejsza.
26 listopada 2008 minister kultury i dziedzictwa narodowego Bogdan Zdrojewski przemianował państwową instytucję kultury Muzeum Westerplatte na Muzeum II Wojny Światowej w Gdańsku. Jednocześnie określił zakres zadań placówki, stwierdzając, że „przedmiotem działalności muzeum jest gromadzenie zbiorów dotyczących historii II wojny światowej, ich ochrona oraz udostępnianie poprzez prowadzenie w szczególności działalności wystawienniczej, popularyzatorskiej, edukacyjnej i wydawniczej”.
15 kwietnia 2016 minister kultury i dziedzictwa narodowego Piotr Gliński poinformował o planowanym połączeniu Muzeum II Wojny Światowej z Muzeum Westerplatte i Wojny 1939 (w organizacji), utworzonym w 2015.