Cele i działalność Celem Muzeum II Wojny Światowej jest upowszechnianie wiedzy o II wojnie światowej, prezentowanie polskiej perspektywy na ten konflikt oraz kultywowanie pamięci o ofiarach totalitarnych systemów i bohaterach walk o wolność wielu narodowości. W ramach prowadzonej przez placówkę działalności wystawienniczej, naukowej, edukacyjnej Polska jest przedstawiana jako państwo będące „strażnikiem pamięci” Europy i świata o latach 1939–1945, znające i honorujące wartość wolności i postaw obywatelskich.
Historia muzeum Muzeum zostało powołane 1 września 2008 zarządzeniem Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego pod nazwą Muzeum Westerplatte w Gdańsku. W tym samym dniu premier Donald Tusk powołał pełnomocnika do spraw Muzeum II Wojny Światowej w osobie prof. dra hab. Pawła Machcewicza. W skład zespołu pełnomocnika ds. muzeum weszli także dr hab. Piotr M. Majewski – historyk z Uniwersytetu Warszawskiego i dr Janusz Marszalec, który w latach 2000–2007 pełnił funkcję naczelnika Oddziałowego Biura Edukacji Publicznej Instytutu Pamięci Narodowej w Gdańsku. Celem zespołu było m.in. wypracowanie koncepcji programowej Muzeum II Wojny Światowej. Koncepcja została zaprezentowana na forum publicznym 6 października 2008 roku w Kancelarii Prezesa Rady Ministrów w Warszawie podczas dyskusji z udziałem historyków i muzealników.