Do 1842 ekonomią klasztoru było 11 folwarków, liczących razem 67 wsi na których było 800 domów, 2533 poddanych. Obszar ziemi wynosił 760 włók 21 morgów i 150 prętów, 14 młynów co przynosiło roczny dochód w wysokości 12 785 rubli 83 kopiejek. Tego samego roku dobra kościelne zostały przejęte przez Skarb Państwa, a zakonnicy otrzymali roczną pensję 40 rubli.
W 1849 klasztor został na nowo włączony wraz z innymi parafiami i kościołami klasztornymi dekanatu dziśnieńskiego do diecezji wileńskiej. W 1862 nastąpiła kasata klasztoru. W kolejnym roku na mocy decyzji biskupa Krasińskiego czterech zakonników przeniesiono do Kamieńca Podolskiego, a kościół stał się filią parafii Głębokie liczącej wówczas 840 katolików. Nadal pracowali przy nim karmelici. 26 sierpnia 1864 nastąpiło całkowite zamknięcie klasztoru decyzją władz carskich, jako kara za „czytanie odezwy powstańczej i odbieraniu przysięgi”. Zlikwidowano prowadzone przez zakonników szkołę, konwikt, fabrykę sukien i aptekę. W klasztorze urządzono więzienie, gdzie sędziował gubernator Michaił Murawjow Wileński. W 1872 władze carskie przekazały klasztor prawosławnym i został on zamieniony na cerkiew. Przebudowano niektóre fragmenty architektury i dobudowano kopułę.