18 lipca 1812 w klasztorze na kilka dni zatrzymał się sztab wojsk Napoleona Bonaparte podczas Inwazji na Rosję. W 1825 klasztor liczył 21 zakonników (8 kapłanów, 9 kleryków). W 1829 mieszkało tu 33 zakonników (10 kapłanów, 9 kleryków, 13 nowicjuszy, 1 brat). W 1830 doszło do wizytacji biskupa. W tym czasie przy klasztorze w murowanym szpitalu mieszkało 12 ubogich. Biblioteka liczyła wówczas 2621 woluminów.
Po przeprowadzonej 12 maja 1831 w Głębokiem koncentracji wojsk powstańczych jakiej dokonał Ignacy Korsak i poniesionej trzy dni później klęsce w walnej bitwie, w mieście rozpoczęto represje, a klasztor karmelitów zamieniono na areszt. Za zaangażowanie w powstanie listopadowe na zsyłkę skazano 5 zakonników (w tym 62-letniego przeora o. Władysława Kozakiewicza), proboszcza ks. Romualda Glińskiego i unickiego duchownego.
W 1834 w klasztorze mieszkało 24 zakonników (16 kapłanów, 5 kleryków, 3 braci). W 1840 w kościele istniało 15 ołtarzy, w prezbiterium w górnej części ołtarz Matki Bożej Szkaplerznej (z dojściem od klasztornego chóru), szczególnie czczony był obraz Matki Bożej Podchórnej usytuowany w kaplicy przy wejściu do świątyni.