Po rozkradzeniu sprzętów dydaktycznych przez osoby prywatne, w 1865 nastąpiło zdeponowanie pozostałości biblioteki klasztornej w muzeum wileńskim. Ziemia, która należała do karmelitów, została rozsprzedana okolicznym włościanom. Od 1875 cerkiew miała wezwanie Narodzenia Bogurodzicy. Około 1876 w czasie przebudowy świątyni nastąpiło wyrzucenie z krypty fundatorskiej ciała zmarłego J. Korsaka, po dwóch dniach pochował je właściciel majątku Litowszczyzna.
3 września 1877 odbyło się pierwsze nabożeństwo inaugurujące działalność cerkwi. W XIX wieku prawosławna parafia dekanalna z 3 filialnymi cerkwiami i 2 kaplicami cmentarnymi liczyła 4348 wiernych. W 1892 rozebrano części klasztoru (2 skrzydła), celem pozyskania materiałów budowlanych.
30 lipca 1895 w cerkwi ochrzczony został konstruktor lotniczy Pawieł Suchoj.