thumb|left|200px|Niemieckie napisy na bramie przy wejściu na dziedziniec Rotundy W budynku dawnej Akademii Zamojskiej od początku okupacji ulokowało się Gestapo. Swoje ofiary, skatowane podczas przesłuchań, gestapowcy początkowo rozstrzeliwali na placu między domami po południowej stronie swej siedziby (róg ul. I. Pereca i Akademickiej). Gdy zabrakło już miejsca, ciała ekshumowano i spalono na Rotundzie, gdzie utworzono obóz zagłady. Zginęło w nim ponad 8 tysięcy ludzi. W Zamościu znajdował się także obóz tymczasowy dla wysiedlonych mieszkańców Zamojszczyzny (w tym dla licznych Dzieci Zamojszczyzny).
Bezpośrednio po agresji Niemiec na ZSRR w 1941 roku w Zamościu utworzono trzy obozy (na przedmieściu Karolówka, przy ul. S. Okrzei i przy ul. Powiatowej) dla jeńców radzieckich tworzące Stalag 325. Uwięzionych w nich było ponad 40 tys. żołnierzy radzieckich. W największym z nich – na Karolówce – doszło w listopadzie 1941 roku do buntu jeńców w związku z morderczymi warunkami bytowania (18 tys. ludzi przebywało pod gołym niebem na 20 ha placu ginąc z głodu i chorób).