Wycofanie żołnierzy Armii Czerwonej przeprowadzono w dniach 4–5 października. Razem z nimi odeszło ok. 1/3 zamojskich Żydów. Od 8 października miasto na prawie 5 lat znalazło się w rękach Niemiec hitlerowskich.
Od września do listopada 1939 roku, w kościele św. Katarzyny ukrywano przed Niemcami, przywieziony tu z Krakowa, obraz Jana Matejki „Hołd Pruski”. Obraz wywieziono, ponieważ Niemcy zaczęli przeszukiwać miejscowe kościoły.
W czasie okupacji niemieckiej na terenie Zamojszczyzny miała miejsce masowa akcja eksterminacyjno – wysiedleńcza Aktion Zamość prowadzona przez Niemców, dążących do stworzenia tu centrum niemieckiego osadnictwa – jako przyczółka do germanizacji Wschodu. Na niemieckich planach zamiast Zamość używano nazwy Himmlerstadt. Ponieważ dostrzeżono niezręczność sytuacji, w której Hitler nie miałby „swojego” miasta, natomiast Himmler tak, ostatecznie nazwy nie zmieniono. Nie doszła też do skutku planowana zmiana nazwy na Pflugstadt (od niem. Pflug = pług).