W 1657 roku wojska szwedzkie zajęły miasto i zamek. W 1701 roku na 100-lecie istnienia ordynacji pińczowskiej, ordynat Józef Władysław Gonzaga-Myszkowski ufundował kolonię akademicką pod zarządem Akademii Krakowskiej. W latach 1757–1761 uczył się w niej Hugo Kołłątaj. Po bitwie pod Kliszowem w 1702 roku miasto zostało ponownie zajęte przez Szwedów. Król szwedzki Karol XII urządził w nim na pewien czas swoją kwaterę.
Józef Władysław był ostatnim ordynatem z rodu Myszkowskich. Po jego śmierci miasto przeszło na własność rodu Wielopolskich. Działanie wojenne w czasie insurekcji kościuszkowskiej spowodowały upadek miasta. Po III rozbiorze Polski Pińczów znalazł się w zaborze austriackim, a po kongresie wiedeńskim w 1815 roku w zaborze rosyjskim.
W 1813 roku podzielono ordynację pińczowską. Pińczów stał się wówczas własnością warszawskiego adwokata Jana Olrycha Szanieckiego. W 1839 roku Wielopolscy odkupili miasto. W latach 20. XIX w. Pińczów miał przeszło 4 tys. mieszkańców. W mieście rozwijał się przemysł spożywczy – produkowano sery. W 1867 roku powstał powiat pińczowski. W mieście w II poł. XIX w. stacjonował rosyjski 14. Jamburgski Pułk Dragonów.