Na przełomie XVI i XVII w. Myszkowscy przebudowali w manierystyczną rezydencję stary zamek Oleśnickich. W Pińczowie działał w tym czasie słynny warsztat rzeźbiarski Santiego Gucciego. Gucci nadzorował przebudowę pińczowskiego zamku, zaprojektował także wówczas kaplicę św. Anny.
W 1592 roku Zygmunt Myszkowski założył na wschód od Pińczowa nowe miasto Mirów. Jednakże już w 1612 roku zostało ono przyłączone do sąsiedniego Pińczowa. Sam Pińczów otoczony został drewniano-ziemnymi obwarowaniami. Do miasta można było dostać się przez jedną z czterech bram: Chęcińską, Kielecką, Nowokorczyńską i Krakowską.
W 1637 roku ordynat Ferdynand Gonzaga Myszkowski gościł w swojej rezydencji Cecylię Renatę Habsburżankę, która zdążała właśnie do Warszawy, na ślub z królem Władysławem IV Wazą.
W XVII w. w mieście osiedlało się wielu obcokrajowców. Najwięcej było przybyszów z Włoch, którzy otwierali zakłady kamieniarskie, korzystając z wydobywanego w okolicy kamienia pińczowskiego. Przybywali również Szkoci, Francuzi, Niemcy i Żydzi.