Taka ogólna forma jest o tyle wygodna, że za zakwit wody zwykle odpowiedzialnych jest wiele gatunków i tylko pod mikroskopem można stwierdzić których jest najwięcej.
Samo zjawisko i towarzyszące mu procesy są bardzo złożone. Zakwit wody (zakwit planktonu) to efekt masowego rozwoju fitoplanktonu (sinic, okrzemek, zielenic, wiciowców i in.) w zbiorniku wodnym. Największy udział w zakwicie wód mają zazwyczaj kolonijne, nitkowate formy sinic oraz zielenic. Te gatunki w łacińskiej nazwie często mają dodatek flos-aquae np. Anabaena flos-aquae, Aphanizomenon flos-aquae, itp. Efekt zakwitu mogą powodować także organizmy jednokomórkowe. Za zielone zabarwienie kałuż gnojowicy najczęściej odpowiedzialne są jednokomórkowe eugleny. W czasie zakwitu ilość glonów jest tak duża, że jako zielone drobinki są widoczne gołym okiem. Nadają wodzie charakterystyczne zabarwienie i powodują silne jej zmętnienie.
Podawane są różne definicje zakwitu wody. Podstawowa mówi o masowym rozwoju glonów powodującym widoczne zabarwienie wody. Niektórzy autorzy wskazują wartości graniczne, np. stężenie chlorofilu a co najmniej 20 g/m³ lub biomasa fitoplanktonu co najmniej 3 g/m³, nawet, gdy zabarwienie jest ledwo widoczne.