W 1809 r. Zamość przyłączono do Księstwa Warszawskiego, a po kongresie wiedeńskim w 1815 roku do Królestwa Polskiego, uzależnionego od Rosji. W 1821 r. rząd ówczesnego królestwa odkupił miasto i zmodernizował zamojską twierdzę. W latach 1821-1831 poddano ją generalnej modernizacji pod kierunkiem wybitnego fortyfikatora gen. Jana Mallet-Malletskiego. Dokonano wówczas przebudowy wielu budynków, przez co utraciły one w dużym stopniu swój pierwotny wygląd i styl. Zmodernizowana Twierdza Zamość odegrała dużą rolę w trakcie powstania listopadowego i skapitulowała jako ostatni polski punkt oporu przeciwko rosyjskiemu zaborcy. Po stwierdzeniu nieprzydatności twierdz z działami obronnymi, w 1866 r. skasowano twierdzę zamojską, co dało początek przestrzennemu rozwojowi miasta. W okresie I wojny światowej do Zamościa doprowadzono linię kolejową (1916 r.).