miasto zostało stolicą założonej przez jego właściciela Ordynacji Zamojskiej.

Położony na szlaku komunikacyjnym Lublin-Lwów, Zamość miał czerpać duże dochody z wymiany handlowej prowadzonej m.in. przez Ormian, Greków i Żydów, którzy uzyskali od kanclerza Zamoyskiego przywileje na osiedlanie się, tworzenie własnych gmin i budowanie świątyń. XVII wiek był okresem największego i najszybszego rozwoju miasta. Osiedlała się tu nie tylko ludność polska, ale również wielu innych narodowości i miasto miało charakter wielonarodowy. Miasto musiało się jednak zmagać z licznymi najazdami, m.in. Kozaków pod dowództwem Bohdana Chmielnickiego w 1648 r. oraz podczas potopu w 1656 r. przez wojska szwedzkie, którym podobnie jak Kozakom nie udało się zdobyć miasta. Dopiero podczas wielkiej wojny północnej Zamość został zajęty przez wojska szwedzkie i saskie.

W połowie XVIII w. przeprowadzono reformę założonej już w 1594 r. Akademii Zamojskiej (wykładał na niej m.in. Stanisław Staszic), ale po zajęciu miasta przez Austriaków w wyniku I rozbioru (1772 r.) została zamknięta (1784 r.).